Archyviniuose dokumentuose žinios apie švietimą Pakruojyje aptinkamos nuo XIX a. vidurio. Parapinės mokyklos anksčiau galėjo ir nebūti, nes Pakruojo bažnyčia neturėjo užrašytos žemės. Kunigą išlaikė dvaras. Dvare mokykla buvo nuo XIX a. pradžios.

1851 m. veikė parapinė mokykla, kurioje mokėsi 20 mokinių. 1857 m. – 34, 1858 – 40, 1859 – 20, 1860 – 19, 1861 – 19, 1862 – 66, 1863 – 156 mokiniai. Parapinės mokyklos buvo uždraustos 1863 m. Tais metais Pakruojo mokykloje mokytoju dirbo A. Rešetnikovas – stačiatikis, baigęs Panevėžio mokytojų seminariją.

1866 m., Pakruojyje atidaryta valdinė mokykla. Mokytojas buvo Arsenijus Riazancevas, baigęs Panevėžio mokytojų seminariją. Tuo metu mokyklą išlaikė valsčius.

Nuo 1905 m. Pakruojyje kunigu dirbo Jonas Januška. Jis agitavo vykdyti 1905 m. Vilniaus Didžiojo Seimo nutarimus. 1905 m. lapkričio 16 d., grįždamas iš kalėdojimo, prie Kruojos upės pasakė kalbą, kurią baigė šūkiu: „Nereikia rusų mokytojų ir raštininkų! Valio!“

1907 m. „Šaltinyje“ (Nr.11, p. 172) aptinkama žinutė, kad Pakruojo mokytojas rusas savo iniciatyva pradėjo vaikus mokyti lietuviškai skaityti ir rašyti.

1908 m. valdinėje mokykloje mokėsi 71 berniukas ir 3 mergaitės. Nuo 1902 m. mokytojavo N. Šulcas, stačiatikis, baigęs Veiverių mokytojų seminariją.

1908 m. lapkričio 16 d. įvyko steigiamasis „Saulės“ draugijos susirinkimas, kuriame nutarta įkurti vienklasę lietuvių mergaičių mokyklą. Ji buvo veikė Mažeikonių kaime, kol 1911 m. valdžia ją uždarė.

1910 m. Pakruojo valdinėje mokykloje mokėsi 40 mokinių. Išvykus mokytojui rusui, jį pavadavo lietuvis Stelmokas. Žmonės ėmė rūpintis, kad jis čia dirbti liktų nuolat, tačiau inspektorius Italinskis su tuo nesutiko ir atsiuntė mokytoją rusą. Kartą visi mokiniai nebaigę pamokų išėjo namo. Po šio mokinių streiko prasidėjo tardymai. Mokytoją Stelmoką iškėlė, tačiau į jo vietą atsiuntė kitą lietuvį dirbti ruso mokytojo padėjėju.

1911 m. pavasarį mokykloje mokėsi 114 mokinių, iš jų 37 mergaitės. Daug vargo pakruojiečiai, kol išsikovojo lietuvį mokytoją. 1911 m. sausio mėnesį lietuvis mokytojas buvo paskirtas antruoju mokytoju. Dėl tokio sprendimo kai kurie pakruojiečiai buvo areštuoti. Kaip vyko mokymas Pakruojo miestelyje po to, duomenų rasti nepavyko, tačiau Nepriklausomos Lietuvos laikotarpiu mokyklos veikla aiški.